محمدعلی به مدت یک سال، دوره کماندویی را در انگلستان گذراند و توانست علاوه بر دوره‌های تخصصی تارزان کورس، پریدن از ارتفاع‌های بلند آبشار و کوه و دوره‌های رزمی، مدرک تخصصی «S. P. S» شکار تانک را نیز از پایگاه مورد اشاره دریافت دارد. شهید صفا سپس به ایالات متحده فرستاده شد و موفق شد در پایگاه جان. اف. کندی پس از طی مراحل آموزشی سخت و طاقت‌فرسا، مدرک تخصصی انهدام ناوهای جنگی را هم از آمریکا کسب کند. محمدعلی از جمله کسانی بود که به‌واسطه انجام عملیات‌های عالی و بی‌نظیرش در پایگاه‌های کماندویی، برای دوره‌های کماندویی در جنگل‌های آمازون – که به «زندگی در شرایط سخت» معروف است – انتخاب شده بود.

با شروع جنگ تحمیلی، شهید صفا با قبول مسؤولیتهای مختلف، فرماندهی کماندویی نیروی دریایی ارتش را برای نابودی رژیم عراق و آزادسازی خرمشهر برعهده گرفت. از آنجا که شهید صفا آموزشهای تخصصی کماندویی را در کشورهای مختلف گذرانده بود، به تاکتیکهای جنگی و استرا تژیکی اشراف کامل داشت. همزمان با تجاوز عراق به خرمشهر، شهید صفا همراه با ۱۵۰ نفر از کماندوهای ویژه نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران عازم خرمشهر شد. نفرات آن‌ها کم‌تر از یک دهم لشگر عراق بود، ۱۶۰ تانک لشگر متجاوز بعثی را منهدم کردند و ارتش صدام را به عقب راندند به‌گونه‌ای‌که‌ به‌علت خسارت سنگینی که کماندوهای نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران به لشگر تانک صدام وارد آوردند بعد از اشغال خرمشهر، صدام متجاوز، خرمشهر را «گورستان لشگر تانک» خود نامید.

  
پای‌مردی دلاوران کماندوهای نیروی دریایی ارتش جان‌برکف ما و افراد محلی و دیگر نیروها ادامه داشت تا بر اثر خیانت بنی‌صدر – رئیس‌جمهور وقت ایران که معتقد بود ارتش ایران بایستی عقب‌نشینی کند تا مذاکرات صلح آغاز شود – هیچ سلاح و مهماتی در اختیار کماندو‌ها قرار نگرفت و سرانجام با وجود مقاومت‌های بسیار کماندوهای نیروی دریایی ارتش و پس از انهدام صد‌ها تانک و تار و مار نمودن لشکر تجاوزکار عراق، محمدعلی صفا در تاریخ ۴ مهرماه سال ۱۳۵۹ هجری شمسی در پی وقوع انفجار خمپاره و اصابت ترکش به ناحیه پیشانی، پا و پهلو در سن سی و یک سالگی به درجه رفیع شهادت نائل آمد و عاشورائی گشت.